2000年，一个科学探险队在南极洲针对被(bèi )称作“第一使(🕰)徒”亚当的“光(guāng )之巨人”进行探ccc。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导(🛹)致世界(🚥)大战。最后，人类(lèi )人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调(diào )查，联合国(guó )在日本箱根成立人工进化研(🗞)究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研(yán )究(🔔)，后GEHIRN利(🏯)用(yòng )(🤳)在人工进(jìn )化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。　　另(🚗)一方面，联合(🏻)国下属秘(🐨)密组织SEELE为了使人类进化，开始实(shí )行(háng )人类补完(😙)计(🤥)划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过(guò )中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。　(👗)　2004年，EVA初(🧘)号机进行启动试(shì )验时发生事(🍹)故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂(😲)版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。　　2015年开始(shǐ )，根据SEELE人类补完计划剧本(běn )的安排，一种不明(🎇)巨型生物“使(🍂)徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻(gōng )(🏫)，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与(yǔ )使徒作(zuò )战的同时，碇源堂秘密地执(zhí )行它自己的计划。随着时(shí )间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化(⤴)。这一矛盾在电视(shì )版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE派出军队(duì )进攻NERV，在占领了NERV后(hòu )发动了(🗻)第三次冲击。全人类全部化为(🕎)LCL之海，只有碇真(zhēn )嗣和明日香留了下来。