21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球(qiú )上，仅使(shǐ )被选中的人们乘上恒星间移民船·阿(ā )拉(lā )特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星eccc。但这一计划失败，人类只(🥄)得再度返回地球。而长距离亚空间航(háng )行(😻)所引发的时空歪曲，导致(🔊)人类回到的地方变(biàn )成了“两(🚨)万(🛑)年后的地球(qiú )”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受(🤸)哥斯拉袭击的同时(shí )(⛓)，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的(🕯)“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成(🚗)功击倒了哥斯(🏻)拉(🐛)。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯(sī )拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高(gāo )300米、质量超过10万吨，在进(jìn )化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流(🚤)水。拯救了晴(qíng )男的是被视为人类的残存者“弗图亚(yà )”之民，米亚娜。弗图亚(🙅)是他们在这个地球首次遇到(dào )的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩(🥈)下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞(tūn )噬而消失(👎)了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另(💓)一方面，比尔沙(🌟)尔德的指挥官·加尔格，注(zhù )意到弗图亚使(🈲)用的箭头是由(🐔)“自律思考(kǎo )(📻)金属体·纳米金属”所制造(zào )而欢喜。这和21世纪(jì )他们在富士山(🛺)麓作为“对(🀄)哥(🎅)斯(🚰)拉决战(zhàn )兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同(tóng )种物质所构成。这正是当时的开(🍄)发设备至今仍然(🕳)残存的证(zhèng )明——。