2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太(🎗)空港(🆖)以进行维eee。柯克还在为斯(sī )波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：(🕯)如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱(luàn )语(yǔ )等(😻)，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到(dào )了联(lián )邦星舰精进号。星际舰队指(zhǐ )挥部对新形成的创世星下达了禁入令(💪)。柯克被告(gào )知，进取号即将除役。斯波克的(de )父亲沙瑞克(kè )找到柯克并告诉他(🌮)，斯波克的遗体必须返回(🍑)瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙(shā )瑞克要(yào )求(🌼)柯克必须(xū )回到创世(shì )星，寻回(huí )斯波克(kè )(📧)的遗棺并将它带回瓦肯(kěn )星——而斯(🥅)波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带(🌸)有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可(⏺)是(👩)，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募(⛅)一艘飞船回到创世星。在与人争吵时(🔍)他被逮捕，但(🌒)这并没有影响到整(zhěng )个计划：在柯克、斯科(kē )特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了(🏉)被废(📳)弃的进取(qǔ )号。为了避免被追击，斯科提还破(pò )坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着(zhe )毁掉毕(bì )生事业(yè )的(🕠)风险，驾驶进取(😇)号航(háng )向创(🐊)世星。其间，克林(🔘)贡人得(👉)知了创世计划和创世星的消息(🚬)。由于担心联邦将其(Ⓜ)改造为一种新式武器，克(🏥)鲁格船长率领一艘(sōu )克林贡(👂)猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦(🌛)星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可(kě )上尉在创世星的轨道上进行(háng )着科学观测。他(⏸)们很快便在地面上发现了生命形式，出于好奇心的驱使，他(🦋)们俩传(chuán )送上了星球表(biǎo )(🎄)面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形(xíng )式的读数，他们(men )发现了幼年斯(sī )波(bō )克的活体：成长速度奇快，但却(què )没有意识或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维(wéi )可、马库(➕)斯和少年的斯波(bō )克作为人(💴)质。不一会，进取号也抵(dǐ )达穆塔拉星区(🍺)（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林(lín )贡(😯)人威胁将夺去人质的(📿)生命，柯克使用了一个计谋来(🤷)重新掌控局势，但并未成功。戴维·马库斯(sī )随后(👥)被克林贡人杀害。由于没有(📫)其他的选择，柯克只得向克林贡人投(tóu )降。柯克为(wéi )了重新占据上(shàng )风(🐉)，冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员(yuán )随后传送上了创世(📪)星，目睹着进取号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。柯克最(😣)终与他的团队从(🔡)克(🌼)林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的(❇)一对(⏬)一战斗中杀死了他(😏)。由于创世星(xīng )独特的力量，斯波克的遗体得以重生，并随(suí )着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创(👚)世(📊)星时(⛴)，斯波克刚(🥔)好达到死亡前的年龄。在登上(shàng )夺来(lái )的猛禽舰时，创世星开始了(🏋)剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星(xīng )。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功(gōng )，复活(huó )的斯波克开始(shǐ )重(chóng )新回忆他的过去与朋(🀄)友。他问进取号的船员们，为什么要冒着失去生命与毁掉事(shì )业的危险营救他；柯克告诉他，有些时(✂)候(🏁)需要“牺牲(shēng )小我，成全大我”。